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標題: 快速組裝全基因組在個人電腦實現 [打印本頁]

作者: admin 時間: 2024-2-5 20:16
標題: 快速組裝全基因組在個人電腦實現
科技日報北京9月15日電（記者??然）據《?胞體壯陽藥品,系》?志14日?發的一項?研，美國麻省理工學院（MIT）和法國巴斯德?研所的科學家開辟出一種保濕乳霜，在小我計?機上重修包含人類基因組在內的全基因組技能。這類技能比當前最先?的法子快?莫一百倍，且?利用今朝五分之一的資本。這項?研以??而非字母為說話模子供???的構建模?，從而可以更??地暗示基因組?據。

“咱們可以在一台平凡的?記本電腦上快速組裝全部基因組和宏基因組，包含微生物基因組，”MIT計?除狐臭方法,機科學和人工智能實行室傳授波尼·博格說，“這類能力對付評估與疾病和?菌傳染（比方?血症）相干的?道微生物組變革相當首要，這讓咱們可以或?更快地醫治并拯救生命。”

自人類基因組規劃展開以?，基因組組裝項目取患大溪通馬桶,了?足的前進，?規劃于2003年完成為了首個完?的人類基因組組裝，耗資?27?美元，并?行了十多年基隆水管不通,的國際互助。固然今朝完成人類基因組組裝已再也不必要花??年時候，但依然必要几天時候和?大的計?性能力。第三代測序技能?可供?具??万個?基對的、太字節?目?的高?量基因組序列，但三重馬桶不通,究竟上，?如斯巨量?據的基因組?行組裝，仍具?挑?性。

為了超出當前技能從而更有用地?行基因組組裝，包含在所有可能的??對之間?行成對比力，博格及其同事這次??研方?轉向了說話模子。他們基于“de Bruijn”圖（一種用于基因組組裝的?略、高效的?據布局）觀點，開辟了一種极小空間“de Bruijn”圖，它利用被?為“极小值”的短核?酸序列，取代?個核?酸。

博格暗示：“极小空間‘de Bruijn’圖只存??核?酸的一小部門，同時保存了全部基因組布局，使它們比經典‘de Bruijn’圖更有用。”?研?員操?新法子為661406個?菌基因組的?集構建了一個索引，這是迄今為止同類?集中最大的一個。他們發明，這項新技能可在13分?內搜刮全部?集中的抗菌素抗性基因，而利用尺度序列比對這一進程必要7小時。

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